A preparação física e a metodologia do treinamento possuem diversos princípios biológicos que norteiam seus objetivos e meios a serem aplicados. Entre um dos mais importantes está o princípio biológico da especificidade, que diz que quanto maior a proximidade da realidade da ação ou atividade ao movimento exigido mais ganhos terá o atleta ou aluno. Este princípio dá a este treinamento a base de todo seu desenvolvimento, possibilitando ganhos de valências e ações motoras através de transferências positivas entre as várias movimentações presentes.
Neste tipo de treinamento podemos desenvolver ao máximo todas as valências ou capacidades físicas de forma abrangente e global, podendo em um único movimento ou exercício realizar o estímulo de duas ou mais capacidades que procuramos naquele momento desenvolver. Podemos usar como exemplo a realização de um agachamento sobre um disco de propriocepção. Se desenvolvêssemos o trabalho convencional de agachamento, realizaríamos ele de forma livre ou na barra guiada e trabalharíamos de forma predominante a valência força. Já com a aplicação do treinamento funcional, no caso da propriocepção podemos além da força trabalhar equilíbrio, músculos mais internos que não seriam desenvolvidos, além de favorecer ganhos de flexibilidade de tornozelos e joelhos.
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